Coronavirus: Stop con il super PC più veloce al mondo

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Coronavirus: Stop con il super PC più veloce al mondo. Sembrerebbe che gli scienziati siano molto vicini nel trovare una soluzione che andrebbe finalmente a sconfiggere il Covid-19. Il tutto sarebbe possibile grazie ad un supercomputer chiamato Summit

Tempo di lettura: 160 secondi

Summit è in grado di identificare tutte quelle sostanze che potrebbero annientare il contagio del virus.

SUMMIT:

Il supercomputer commissionato a IBM dagli Stati Uniti nel 2014. Ha una potenza di calcolo complessiva di 200 PetaFLOP al secondo, anche se al momento il sistema di benchmark Linpack lo posiziona poco sotto ai 150. In ogni caso, sempre lo stesso servizio lo classifica come il supercomputer più potente al mondo: il 2° e il 3° classificato, rispettivamente l’IBM Sierra (USA) e il Sunway TaihuLight (Cina), registrano punteggi di 94,6 e 93 PetaFLOP al secondo.

Coronavirus: Stop con il super PC più veloce al mondo
Il supercomputer Summit

Il sistema è formato da 4.608 nodi di elaborazione, ognuno dei quali comprende 2 CPU IBM Power9 e 6 GPU NVIDIA Tesla, che comunicano l’uno con l’altro a una velocità di 25 Gigabyte per secondo. Nel complesso, il sistema – che è grande più o meno come 2 campi da tennis, usa quasi 300 km di fibra ottica e pesa 340 tonnellate – può contare su 250 petabyte di capacità di archiviazione.

La macchina è in servizio presso il laboratorio nazionale di Oak Ridge, nel Tennessee, ed è stato pensato proprio per aiutare gli scienziati a “risolvere i grandi problemi del mondo”, e si sta usando per importanti progressi nel campo medico. Per esempio, è riuscito a individuare segnali premonitori del morbo di Alzheimer e individuato i geni che rendono il paziente più vulnerabile a dipendenze dagli oppioidi. Ma non solo: è stato usato anche per prevedere eventi climatici estremi analizzando il meteo dei giorni antecedenti.

CORONAVIRUS:

Coronavirus: Stop con il super PC più veloce al mondo

I coronavirus (CoV) sono un’ampia famiglia di virus, chiamati così per le punte a forma di corona che hanno le proteine superficiali del virus. Queste proteine inducono il recettore di superficie delle cellule polmonari ACE2 a far entrare il virus nella cellula e ad avviare un’infezione virale. La soluzione per fermare l’infezione consiste nel trovare un modo per bloccare questa proteina che risiede sul virus, impedendogli di legarsi alle nostre cellule e rendendolo quindi incapace di stabilire un’infezione. Il blocco di questa proteina può essere realizzato legando un’altra proteina su di essa.

Ma quindi, cosa ha fatto e può fare Summit per aiutarci ?

STOP COVID-19 ?

Summit di IBM, è stato in grado di identificare 77 sostanze chimiche. Queste, molto probabilmente, potrebbero essere utilizzare per far fronte alla diffusione della nuova pandemia di Covid-19. In particolar modo, queste sostanze chimiche andrebbero ad aiutare gli studiosi nel trovare una cura, dunque un vaccino. La soluzione pare stia nel fatto che, le 77 sostanze identificate dal supercomputer, potrebbero neutralizzare la capacità del virus di aggrapparsi alle cellule ospiti.

Infatti, Il coronavirus, semplificando ai massimi livelli, infetta le cellule di un organismo ospite legandosi chimicamente ad esse e consumandole per replicarsi. Il compito di Summit è stato quello di trovare, attraverso innumerevoli simulazioni, quali sostanze impiegabili in un farmaco potrebbero legarsi al virus prima che questo infetti l’ospite. Delle oltre 8.000 sostanze analizzate, il supercomputer ne ha individuate 77, e classificate naturalmente in ordine di probabilità.

Uno sviluppo essenziale in quanto offre ai ricercatori una direzione precisa, evitando di dedicare tempo e risorse a compiere tentativi; tuttavia, i risultati vanno ancora convalidati sul campo. In aggiunta, le elaborazioni del computer si basano su un modello vecchio del virus, risalente a metà gennaio. Di conseguenza, il prossimo lavoro sarà ripetere tutte le simulazioni usando il modello più aggiornato e preciso pubblicato negli scorsi giorni.

Coronavirus: Stop con il super PC più veloce al mondo
Summit di IBM

Coronavirus: Stop con il super PC più veloce al mondo

CONCLUSIONE:

Il supercomputer può elaborare, in un tempo estremamente ridotto, la reazione di ogni sostanza che viene messa a contatto con il Covid-19. Così facendo, il numero delle potenziali variabili viene ristretto di volta in volta.

Questo “meccanismo” permette agli scienziati di risparmiare tempo e risorse, infatti, nel caso in cui questo processo venga fatto in laboratorio risulterebbe complesso e richiederebbe fin troppo tempo.

“Summit era necessario per ottenere rapidamente i risultati della simulazione di cui avevamo bisogno. Ci sono voluti un giorno o due, mentre ci sarebbero voluti mesi su un normale computer

dichiarazione di Jeremy Smith, direttore dello UT / ORNL CMB

“I nostri risultati non significano che abbiamo trovato una cura o un trattamento per il Coronavirus di Wuhan. Siamo molto fiduciosi, tuttavia, che i nostri risultati saranno utili agli studi futuri e forniranno un quadro per studiare ulteriormente questi composti. Solo allora sapremo se qualcuno di loro avrà le caratteristiche necessarie per mitigare questo virus”.

dichiarazione di Jeremy Smith, direttore dello UT / ORNL CMB
Coronavirus: Stop con il super PC più veloce al mondo

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